[R_I_N]

отношения с контрагентом у нас самые дружелюбные- наши учредители, меня интересует техническая сторона вопроса.

Тогда технически либо полюбовно переименуйте базис поставки, либо, оставив желанные три буквы , уберите эти транспортные из инвойса, либо разнесите эти транспортные по товарам уже в спецификации.
При наличии взаимозависимости, каждое дополнительное арифметическое затруднение будет влиять на вероятность принятия таможней стоимости по цене сделке не самым радостным образом.

Забыл спросить: Что указано в сумме контракта в паспорте сделки?