[Quantum satis]

Вес контейнера по документам 5217 кг, по факту взвешивания 5140.
Перевозки стоимость 55410,45 общая.
Без корректировки:
Брутто отп. 1 - 2373 кг,стоимость перевозки будет 25203,95 рубля,
Брутто отп. 2 - 1716 КГ,стоимость перевозки будет 18225,86 рубля,
Брутто отп. 3 - 1128 КГ,стоимость перевозки будет 11980,64 рубля.

В результате вес корректировал только у отправителя 1, получаю:
Брутто отп. 1 - 2296 кг,стоимость перевозки будет 24751,44 рубля,(меньше на 452,51 руб);
Брутто отп. 2 - 1716 КГ,стоимость перевозки будет 18498,9 рубля, (больше на 273,04 руб);
Брутто отп. 3 - 1128 КГ,стоимость перевозки будет 12160,11 рублей. (179,47 руб).

Или неправильно подсчитываю?

У меня получилось по первой строке 25203,99, что не принципиально. Остальное не проверял, потому что также не принципиально.
Теперь стало понятно, что к чему.
На Вашем месте я сделал бы КДТ после выпуска по первой ДТ и этим ограничился.