[prosto]

Напишем, представим зарегистрированную заявку , отправленную в ГКРЧ. Ну хорошо, а дальше если дело возбудят, то будет ли это препятствовать выпуску всей партии товара и можно ли будет заявить условный выпуск?

Можно.
Если таможня удовлетворит ваше ходатайство о неизъятии товара, являющегося вещественным доказательством по делу об АП, то данный товар можно выпустить условно.