Ну тут вариантов 2:
1. Если по заявлению, то скорее всего в заявлении надо указывать стоимость товара по инвойсу, а что касаемо транспортных расходов, то я думаю, что заяву надо писать в полу-произвольной форме на начальника поста, что мол транспортировка из пункта А в пункт Б таких-то товаров составила столько-то и столько-то и что груз в пути следования не страховался и что погрузка/разгрузка осуществлялась собственными силами. Либо предъявить некий документ типа транспортной накладной (Waybill, CMR, и т.п.), в котором указана стоимость транспортировки.
2. Просто указывать в заявлении таможенную стоимость (инвойс+транспорт) и писать, что транспортные расходы включены в таможенную стоимость и соотв. от этой таможенной стоимости и плясать!
Хотя на мой взгляд - что так, что так - денег-то заплатите одинаково...
Я обычно в заявах писал (автотранспорт личный был):
Стоимость транспортных расходов:
-Бензин (расстояние от А до Б - Н-км). Расход 10 литров/100км. Стоимость 1л = 1 евро - далее считаем и выводим...
-Зеленая карта.... Например 400 руб...
Ну а дальше все, как указано в п.1