Время подачи в бумаге либо дата в штампе ОДО таможенного поста в регионе деятельности организации, либо дата почтового штампа об отправке.
Раз сроки просра... упустили, и состав АП есть, то я бы ничего уже не посылал. Глядишь, за годик и не заметят.
Как говорится: "Чистосердечное признание облегчает работу следователю".
Пускай трудятся.