В законе ничего не сказано о полномочиях лиц принимать жалобы. Есть лишь прямое упоминание о том, что обращаться следует к вышестоящему должностному лицу. Вы это сделали. Разбираться в их должностных инструкциях и прочих хитрозадостях Вы не обязаны. Поэтому смело обращайтесь разом в прокуратуру и вышестоящий таможенный орган. Тем более, что следы о своём обращении Вы оставили на посту...
С судом, думаю, пока можно не торопиться...