Что бы сделал я.
В соглашении о безвозмездной поставке к договору поставки № ХХХ отдельным пунктом указал бы, что роялти с данной конкретной поставки в соответствии с договором лицензирования № YYY не взимаются. Данное соглашение считать неотъемлемой частью и договора № YYY.
Это в случае, если поставщик и лицензиар - одно и то же лицо. Я, к сожалению,
точно не понял из Ваших постов - разные это лица или одно и то же.
В случае, если это разные лица, то с первым - соглашение о безвозмездной поставке, со вторым - приложение к лицензионному договору о том, что роялти с этой поставки не взимаются. Вы сказали, что у Вас идут переговоры сейчас, полагаю, что, если Вы достигнете устного соглашения, Ваш лицензиар не откажется шлепнуть штампик на бумажке в подтверждение своих слов.
В первом случае - одну (привязанную к обоим договорам), во втором случае - обе бумажки, предъявленные при оформлении в таможню, любого таможенника, что захочет включить в ТС роялти, заставят испытывать невероятные угрызения совести... как минимум...