[Vovez]

графа 10 - "Вес брутто/нетто (кг)". Указываются весовые либо количественные характеристики товара; расхождение между фактическим количеством товара и указанным в сертификате не должно превышать 5 %;
Вышеуказанные поддоны составляют меньше 5% и на основании этого (по их мнению) СТ-1 обязаны признать. Как быть?

Какие бы правила заполнения ГТД ни существовали на Украине, Вы уже самостоятельно пришли к выводу, что СТ-1 обязаны признать. Думаю, с Вами играют в СТОбаксинг. Объявите, что собираетесь выпустить в свободное обращение только товар. А от поддонов отказаться в пользу государства (как вариант))) Может, Юля Тимошенко их на что-нибудь полезное народу Украины использует... Кстати, в РФ тоже еще в пределах моей памяти брутто в ГТД ставили вместе с весом поддонов.