Пока груз не пришел, пока Вы не начали таможенное оформление оформите дополнение к контракту, которым отнесёте часть стоимости идущего к Вам товара на компакт-диски (думаю, что желательно знать их количество). Сдайте дополнение в банк ДО таможенного оформления. Продавец направляет Вам скорректированный (с учетом дополнения) счет с письмом об ошибочности счета, идущего с контейнером. Честно заявляйте и печатную продукцию и диски по первому методу.
Возможен второй вариант, при котором отправитель Вам безвозмездно передает эти компакт-диски. Заключаете с ним дополнение о такой безвозмездной передаче с указанием стоимости для таможенного оформления. Получаете по факсу/эл.почте счет, в котором оговоренная стоимость указана для таможенных целей. Дополнение в банк можете не торопиться сдавать до таможенного оформления. После прихода груза оформляете печатную продукцию по первому методу, а компакт-диски по шестому.
Мне видится примерно так...