Льгота по НДС

Господа специалисты, подскажите, может кто-то сталкивался. Наше предприятие в рамках Ашхабадского соглашения (Пр.870 от 24.12.98 г.) получило льготу -освобождение от уплаты НДС в 2007 г. при ввозе товаров из Украины. Этот документ "дошел" до нас в октябре 2007 г., т.е. с января по сентябрь мы подавли ГТД и платили НДС как положено, а сейчас мы имеем право откорректировать все эти *ГТД и вернуть эти деньги уплаченные на счета нашего *предприятия (сумма около 40 млн. руб.), но теперь наша бухгалтерия говорит, что нам это совсем не надо, т.к. этот НДС уплаченный мы уже и так вернули и из бюджета. Т.е. таможня нам готова вернуть деньги, а нам они не нужны, т.к. возникнут какие-то проблемы по налоговому законодательству, надо будет все бухгалтерам пересчитывать НДС по каждой ГТД *и еще мы должны будем заплатить пенни и т.д. Почему так, может бухгалтерия наша что-то не допонимает? И зачем тогда добиваться таких льгот?