Таможенная стоимость!

там. стоимость-это тоже самое , что и инвойсная,

не всегда

а инвойсная -это тоже самое , что и фактурная стоимость... ???

Да

И еще: таможенная стоимость вбивается в ГТД ?

Не всегда (при ввозе да, при вывозе временами )

Транспортные расходы входят в там. стоимость по условиям CFR?

В таможенную всегда должны включаться транспортные расходы до границы. Возможно Вы подразумевали фактурную?
Помимо того,что уже порекомендовано почитать- ИНКОТЕРМС 2000.
P.S. Изучить не только тонкости, но и "азы" таможенного дела ни на этом форуме, ни каком другом, ИМХО, не удастся.