Недоплата за товар по credit notes. Пропустит ли таможня?

Нехай платят Вам взад сколько захотят. Для самоуспокоения можете подписать с ними соглашение о том, что Вам предоставляется скидка в 10%, которая распространяется в том числе на предыдущие поставки, в назначении платежа это соглашение должно присутствовать.
Дальше снова закупайте по 100, а платите 90, оформляйтесь по 100...