ЭЦП и прога для ЭД

[Cons]

Чья прога? На А начинается, на а кочается, 5 буков
Все операции проводятся через эту компанию, но для того чтобы сэкономить деньжат решили купить 100 рабочих мест на одну головную компанию, а потом их распространить на свои подконтрольные (договора на право передачи есть и с продавцом, и между головной с каждой подконтрольной).

Думаем не возникнет ли вопросов почему у всех подконтрольных (разные юр. лица) одинаковые серийные номера и покупатель вообще не они. Больше всего интересует как ФТС к этому отнесется.

никак. в формате файлов передаваемом в ФТС нет сведений о Вашей программе. Посмотрите любой формируемый xml файл.