Каковы варианты налогообложения для ИП в случае занятия ВЭД?

[YYYY]

ОСНО - общая система налогообложения; подразумевает уплату налога на прибыль, НДС, ЕСН, сборов в фонды, ведение полноценного бухгалтерского и налогового учета, сдачу деклараций ежеквартально + годовой отчетности в фонды, ИФНС. ИП на ОСНО - лучше сразу застрелиться

Не совсем так, бухучет ИП на общей системе налогообложения обязан вести только с 2013 года, налог на прибыли ИП не платит , ибо у него налог на доходы физлиц, но с вычетами как при налоге на прибыль. Отчетности ежегодная, кроме фондов при наличии наемных работников и НДС.
По поводу продаж без разницы с НДС или без : если у вас покупает товар розница, которая на вмененке и урощенке, то прокатит, если же товар промназначения, то без НДС у вас его покупать не будут.
Пример с трудностями по возмещению НДС из бюджета свидетельствует о безграмотности бухгалетра ИП, ибо в нормальных условиях как может получится НДС, начисленный покупателям, меньше, чем "входной" , если все пушисто.