товара еще нет, а СВХ уже требует $, таможня же говорит, что у них нет своей зоны ТК

[ИгорьЮ+]

Если есть счет, значит, есть и договор. Если есть договор, значит, Вы его подписали. Если Вы его подписали, значит, Вы согласны с тем, что написано в нем. Логика прямо как в детском саду.
Что написано в счете? Счет выставляется за оказание услуг. Какие услуги там прописаны? Нахождение транспорта с грузом в ЗТК? Или может быть что-то другое? Выложите скан счета!

счет можно без договора выставить