Рекомендация всем "потерпевшим" от курьерских служб (названия все знают).

[Touareg]

ПРИКАЗ ФТС РФ от 28 сентября 2010 г. N 1786: http://www.tks.ru/docs/10031318 Товары, прибывающие воздушным транспортом, могут оформляться только в воздушных пунктах пропуска прибытия.

Тогда ситуация такова... Ранее действовал такой порядок, предусмотренный ТК РФ и 1356, что таможенный пост, в случае отсутствия у него компетенции и нежелания лица подавать декларацию самому - пересылал ее в таможенный орган, правомочный на совершение с товарами таможенных операций.
В новом ТК ТС такого положения уже нет. Если подан неуполномоченному органу или не завершены предшествующие декларированию операции - тупо отказ. Не устный, естественно, как в Вашем случае, а официально письменный.
В вашей ситуации остается одно - давить на ТНТ, что они должны доставить товар в Питер (правильно я понимаю?), а не "до Москвы". Соответственно пусть организовывают таможенный транзит для вашего товара, но уже не в Пулковскую, а Санкт-Петербургскую, наверное, таможню... Туда идете и спокойно декларируете. Доставить товар - обязанность перевозчика.