имеют ли обратную силу решения вто по классификации

[Я - то что надо]

классификация товаров в ТС производится в соответствии с ТН ВЭД ТС или на основании решений о классификации, принятых таможенным органом.

Поддержу (с небольшим уточнением).
Решения о классификации также принимаются в соответствии с правилами классификации, установленными ЕТН ВЭД ТС и противоречить им не могут.
Что касается заданного автором вопроса.
Если при классификации товара ВТО приняло решение не противоречащее правилам классификации, установленным ЕТН ВЭД ТС то это может служить аргументом как для "довзимания" дополнительных платежей (при условии, что по ВТО-шному коду их размер вырос) так и для возврата излишне уплаченных платежей (если по ВТО-шному коду их размер стал меньше). Однако, для первого варианта российский таможенный орган обязан принять собственное решение по классификации Вашего товара, а для реализации второго варианта Вам придётся в суд обращаться с соответствующим исковым требованием. Платежи можно вернуть за три минувших года.