Возврат с таможни излишне уплаченных денег

[пенсионер]

Нужно, чтобы нотариально была заверена подпись Директора именно на заявлении. Типа в ее присутствии подписал именно он.

Строго это называется нотариальное удостоверение подлинность подписи на заявлении. Хотя мне известны реальные случаи, когда таможне и этого недостаточно и им еще подавай листок бумаги названный образец подписи и эта подпись так же должны быть удостоверена нотариально.
Поэтому самое надежное подписывать заявление на возврат директору лично при подаче документов в таможню имея при себе оригиналы документов подтверждающие его полномочия.