Что делать? Расстаможили больше, чем пришло

[Ротмистр]

однако таможня осуществляя таможенный контроль, в свою очередь допустила
оформление товара, не ввезенного на таможенную территорию, чем нарушило
положение о проведении таможенного контроля

Никто ничем не доказал, что товара по факту было меньше, чем заявлено в ДТ на момент проведения таможенного контроля. Хотя закон предусматривает такую возможность в виде осмотра под таможенным наблюдением.
Признать такую неподтвержденную ничем "ревизию количества товара на собственном складе" - своими руками создать схему незаконного возврата уплаченных пошлин и налогов за счет корректировки ДТ после выпуска в сторону уменьшения платежей в бюджет.
Привез много, оформил без досмотра, заплатив полную и необходимую сумму платежей, вывез к себе на склад, оприходовал мало, выявил "недостачу", откорректировал ДТ, вернул излишне уплаченные платежи. Супер.