CMR - куда пропадают 6 экземпляров?...

[Vovez]

Для возмещения наша налоговая требует Сч/Ф с отметкой о выезде и ЦМР с отметкой. Некоторые инспектора идут на уступки и проставляют 4 отметки. Может есть какой приказ регламентирующий количество печатей?

Нет.
На СМР не обязаны быть отметки таможенного органа.
Мало того, СМР при экспорте уже несколько лет не предъявляется для таможенного контроля.
Как-то писал уже. Продублирую:
Заготовка "Памятка водителю/бухгалтеру."
Уважаемый водитель/бухгалтер!
В Ваших документах на перевозку отсутствуют отметки таможенного органа в связи с действием на территории РФ следующих регламентирующих документов:
1. Приказ ФТС России от 28 октября 2014 г. N 2092 "О сокращении перечня документов, представляемых при таможенном декларировании товаров, помещаемых под таможенную процедуру экспорта и не облагаемых вывозными таможенными пошлинами".
2. Решение Объединенной коллегии таможенных служб государств - членов Таможенного союза от 12 февраля 2014 г. N 10/19 "Об отмене требования о наличии отметок таможенного органа выпуска на бумажном носителе копии декларации на товары, представленной в виде электронного документа, при убытии и подтверждении фактического вывоза”.