НДС при транзите ЕЭАС

[Liberty13]

Перевозка по ЖД. Мы РФ. Клиент Казах.
Мы оплачиваем для клиента провозную плату по всем территориям. (РФ,КЗХ,БЧ)нам наши исполнители выставили за каждую территорию по НДС 0%.
НО!!! Наш бух хочет конкретно территорию РФ выставить с НДС 18%. (декабрь 2018г).
Мотивирует это тем что ст.164 НК П.3. Говорится о таможенном транзите, а если таможенного транзита нет (его нет так как это ТС), то значит перевозка не считается международной, хоть и ниже в п 3.1. сказано при перевозках внутри Таможенного союза НДС 0%. Но по ее мнению, если не выполняется условие в п 3. то и 3.1 не имеет к нему никакого отношения.
Помогите с НДС, какой все таки должен. Я считаю должен быть 0%. Но ей нужны статьи и т.д. Прошу помочь