цена договора

[Vovez]

Ну он же не из воздуха возникает.
Это наверняка ваш заказ и есть с номенклатурой и количеством.
Сделайте его равным спецификации и все.
Например: Заказ/Спецификация № ...
Поменяйте формулировку в контракте об общей стоимости как сумме заказов/спецификаций за весь период действия контракта.
И платите себе на здоровье на основании заказа/спецификации, вообще безо всякого инвойса.
Ваша бухгалтерия будет указывать назначение ровно так как будет сказано в договоре.

Всё верно. В мире отлаженных поставок клиенты и поставщики используют для работы между собой именно заказ-наряды (purchase order). Отправленный и подтверждённый обеими сторонами приравнивается к спецификации или приложению к контракту. На его же основании потом оформляется инвойс.