обязательна ли отметка выпуск разрешен в CMR

[Koi8]

если же налоговая в ходе проверки запросит у перевозчика копию, так у него должен быть свой экземпляр CMR, который прошёл границу, и на котором есть нужный штамп

В том-то и дело, что нужного штампа нет.
Пп. 3 п 3.1 ст. 165 гласит:

"При ввозе товаров автомобильным транспортом с территории иностранного государства, не являющегося членом Таможенного союза, в том числе через территорию государства - члена Таможенного союза, в налоговые органы представляется копия транспортного, товаросопроводительного и (или) иного документа с отметкой российского таможенного органа, подтверждающего ввоз товара на территорию Российской Федерации."

На СМРке только отметка беларусской таможни. Отметки российского там. органа, подтверждающего ввоз товара на территорию РФ нет.

То же самое с жд и авто через порты.