вес нетто с упаковкой

Интересный ответ получила от таможенного инспектора, "вообще по приказу вы правы, но у нас программа ругается и выдает ошибку, поэтому или не примем декларацию или напишем протокол"
а еще говорят что закон един для всех ...

Не переживайте. Мнение инспектора- это частный случай его нелегкой жизни.
Пусть он поробует такой протокол написать.
Поговорите с начальником отдела "платежей" в таможне (не на посту). Если и там не вменяемы (что вряд ли)- общайтесь в РТУ.
Кстати, можете получить официальную консультацию по этому вопросу в таможне.