разница в весе

вопрос в том какой документ должен подаваться при полной гтд. Первый на 100 или перегрузочный на 95.?

Документов можете приложить оба (но достаточно того, который шел через границу)
смотрим 1057:
- под номером 2 - номер (регистрационный номер) транспортного (перевозочного) документа (и акта (актов) о фактических поставках товаров, оформленного (оформленных) на основании показаний приборов учета, установленных в технологически обусловленных местах и фиксирующих перемещение товаров трубопроводным транспортом или по линиям электропередачи, при заявлении сведений в полной ГТД), по которому (которым) осуществлялась международная перевозка или перевозка под таможенным контролем с применением процедуры внутреннего таможенного транзита, если в отношении декларируемых товаров перед их помещением под заявляемый таможенный режим или завершением действия ранее заявленного таможенного режима осуществлялась международная перевозка или товары перевозились по процедуре внутреннего таможенного транзита;
е графы указывается код признака корректировки таможенной стоимости по классификатору признаков корректировки таможенной стоимости.