изменение таможней кода ТН ВЭД повлекло предоставление сертификата и статью 16.3 КоА

Разумеется, не понял. А разве это обязательно?

да, обязательно. если вопрос не знаешь, надо сначала его изучить, а уже потом обсуждать.

Вопрос о ч. 3 ст. 16.2 отношу к дискуссионным

ничего дискуссионного здесь нет. наоборот.

На трезвую голову при ввозе товаров дело должно заводиться именно на лицо, перемещающее товары (с бодуна, да, могут завести и на перемещаемое лицо) в соответствии с диспозицией ст. 16.3 КоАП.

еще раз вам повторяю - дело заводится (хотя грамотно говорить возбуждается, заводилось когда действовал старый тк рф и коап рф) ТОЛЬКО на брокера по этой статье и все. и не надо лишних слов. практику смотрите - сложившуюся давным давно. если шо то пишите - хоть подтверждайте что ли - суд.решением или хоть любой ссылкой на конкретный случай.

В какой момент начинается (длящееся) правонарушение по этой статье?

правонарушение по этой ст. вообще не может быть длящимся.

Когда происходит ввоз, то есть при фактическом перемещении товарами таможенной границы. Где в этот момент был таможенный брокер и как он к этому причастен?
Можно, конечно, пообсуждать роль брокера при предварительном декларировании или при вывозе, хотя это уведет в сторону.
И вообще, брокер как лицо, совершившее административное правонарушение, в ст. 16.3 не поименован, в отличие от ст. 16.2.

без комментариев - набор не связанных друг с другом слов.

п.с. практика и еще раз практика. и не надо теоритизировать там где это не уместно.