FCA на CPT

[zertex ew]

А если мы заключим с ними отдельный договор на транспортировку? Так как это делалось бы с транспортной компанией. Этот вариант не требует переделки ни приложения ни ПС.

ЗАЧЕМ усложнять себе жизнь??
Перечитайте Инкотермс. Отличие FCA от CPT главное в том, что во при вторых условиях продавец берет на себя обязанность по доставке товара, а покупатель обязан компенсировать эти расходы. Ваш поставщик это сделал. Стоимость товара в данном случае УЖЕ включает стоимость транспортировки.
Не усложняйте задачу себе. Делайте приложение на СРТ и указывайте новую стоимость товара. Варианты уже выше написали - зависит от вида Вашего договора.