Восстановление преференции

[БОЛЬШОЙ вопрос]

Ситуация: оформили товар (преференциальный), но Сертификата формы А при подаче не представляли (была причина). ГТД выпустили без преференции. Через неделю получили Сертификат формы А и на основании п.3 ст.38 ТК, попросили таможенный орган восстановить преференцию и возвратить платежи. Отказали, ссылаясь на ст.37. Их доводы таковы: раз Сертификат формы А - это документ обязательный к представлению одновременно с подачей с ГТД, а он был представлен после выпуска, то и преференция в таком случае не положена, а значит и нет основания для возврата денег. Вот если бы Сертификат формы А был представлен при подаче и при этом был получен отказано в преференции (по причине неверного оформления Сертификата), и ГТД выпустили без преференции, и , исправив ошибки, был бы представлен снова, вот тогда бы деньги вернули. Я неправильно понимаю ст.38?