Возврат с таможни излишне уплаченных денег

[Anda]

можно ст.395 ГК РФ применить и назвать это процентом за пользование чужими денежными средствами, но тогда считать надо с того момента когда мы их уведомили что это чужие средства.....

Это оно и есть, только не по ГК, а напрямую по таможенному законодательству!
Не с "момента уведомления", а с момента подачи заявления на возврат ("уведомления") + месяц.... и со следующего дня после истечения этого срока проценты капать начинают...