нужен ли сертификат

[Boggart]

Тогда зачем в режиме свободного склада конкретно написано: в качестве комплектующих товаров либо сырья (материалов) к продукции, производимой на территории государства

А для ИМ 40: в качестве комплектующих товаров либо сырья (материалов) к продукции, выпускаемой в обращение на территории

Зачем акцент сделан?

Думаю, потому/затем, что товары, произведенные из иностранных товаров (и т.п.), помещенные под таможенную процедуру свободного склада не всегда выпускаются в обращение на территории государства-члена (см. Соглашение от 18 июня 2010 года "О свободных складах…")
Но наиболее вероятная причина высказана пенсионером выше