Разукомплектация импортного товара

[Quantum satis]

есть ли процедура, которая позволит,все-таки, продать товар по частям?

Процедура очень простая. Берёте ручные инструменты, разбираете агрегат и продаёте.
Нарушения таможенного законодательства при этом не возникает.
P.S. Касательно сертификации. Составьте акт о том, что агрегат был запущен перед разборкой для целей проверки работоспособности. С момента составления акта он становится "бывшим в употреблении" вместе со всеми составляющими его компонентами, а на бывшую в употреблении продукцию подтверждения соответствия не требуется.