не довложили

[Dedushka]

В том и вопрос.. на порчу не хотят списывать.

Кредит нота, дело конечно хорошее.. тогда вопрос с налоговой и аудитом. По документам на ввоз (без КДТ) значится 2000 коробок.. Оприходовано 1900.
Примут ли эти все структуры (включая валютный контроль) кредит ноту без корректировки?

Да всё по аналогии с браком. Недостача то же самое по сути. Выставляете претензию по количеству принятого товара. Вот вам и документ. Кредит-нотой просите ещё компенсацию по таможенным платежам. Грузанули Вас бухи как с аудитом и налоговой. Хотя бухи и кредит-ноты не любят, курсовые разницы и т.д. Поработать им придётся по любому.