неверно указаны номера платежек

[Svetlana-Vl]

ну т.е. получается, раз сумма изменений не отлична от нуля, то дальше мы не заполняем.

Совсем не получается. Я же в предыдущем сообщении написала следующий пункт цитируемой Вами инструкции. В графах "номер и дата платежного документа" и "сумма по документу" пишите: Предыдущая платежка - минус миллион рублей, новая платежка - тот же миллион рублей, но без минуса.