Поправьте, если ошибся! По 388 приказу!

[SandySoft]

Что то начали сгущаться тучи вокруг Приказа № 388 в последнее время %(
Указанная Вами схема близка к правде (только "Свободное обращение с условным выпуском" как то вперед Заявления попало и был пропущен этап "Получение разрешения на особый порядок оформления").
Касательно ссылок на нормативные документы: см. ст. 362, 337 и 338 ТК РФ.
Похоже Ваша таможня хочет в двойном размере обеспечение получить (мягко говоря): во-первых в виде депозита на каждую партию до выпуска завершающей ГТД и во-вторых в виде обеспечения согласно п/п. 2,3 пункта 1 ст.337.
В качестве аргумента в свою пользу возьмите полученное Классификационное решение, в котором все перечисленные компоненты считаются Товаром, оформление которого Вы и производите в особом порядке на основании полученного Вами КР и Решения о разрешении особого порядка оформления, выданного Вам контролирующей таможней после получения своего (второго) экземпляра КР. Т.е. ФТС разрешило Вам оформлять все эти товары под одним кодом (совсем даже не их родным кодом!) ТН ВЭД с уплатой соответствующей этому коду пошлины (0% в Вашем случае).