Вопрос теоретический о применении методов определения ТС

Не совсем так. Таможня может также не согласиться с определённой декларантом ТС в рамках первого метода. Например, несогласна с вычетом транспортных расходов по территории России или считает необходимым включить в ТС лиценционный платёж.

Так, что таможня вполне может принять ТС в рамках первого метода

Тааааак. И сделать КТС, да? В рамках первого метода?