44 графа ГТД

Всегда вписывали и делали именно CMR. Так CMR вообще можно не делать, или просто в ГТД не указывать? Как мне отразить что груз до корабля едет автотранспортом (перевозчик), или это не важно?

это не важно, но по Вашему желанию можете заполнить графы 18 и 26. Они всё-покажут.
Почему именно CMR , а не обычная автомобильная накладная?
В графе 44:
"- под номером 2 - номер (регистрационный номер) транспортного (перевозочного) документа (и акта (актов) о фактических поставках товаров, оформленного (оформленных) на основании показаний приборов учета, установленных в технологически обусловленных местах и фиксирующих перемещение товаров трубопроводным транспортом или по линиям электропередачи, при заявлении сведений в полной ГТД), по которому (которым) осуществляется (будет осуществляться) международная перевозка или перевозка под таможенным контролем с применением процедуры внутреннего таможенного транзита;"

У Вас , как я понимю, на ни того, ни другого при перевозке автотранспортом не происходит.