Ввоз програмного обеспечения

[Vestlok]

т.е. в договоре оговаривается определенная сумма за использование лицензии?! а сколько и чего берется с этой суммы?

Вы свой договор почитайте, а потом ЗоТТ. Тогда станет понятно что с чего и сколько берется. А что и как у Вас в договоре написано, не к участникам форума вопрос.
По поводу п. 2.17 это лучше Вам на посту узнать, тем более опять же как ваше ПО называется не известно, может и попадает, а может у Вас п. 1.3 ч.5 и вообще ввезти нельзя. А что касается шифрования, этим ФСБ занимается. Обратитесь на Лубянку, Вам там с удовольствием подскажут.