корректировка ПГТД

нам выставили претензию по недогрузу

Тогда какое дело таможня может завести?

Никакого.
При всём желании не подберут статьи.

Не надо корректировать цену контракта.
Претензия+Ваш акцепт этой претензии+ новый Ваш инвойс
На этом основании корректируете ГТД (ох неохотно, неохотно таможня идёт на это) для обоснования поступления выручки не в полном объеме.
Коли откажут-их отказ в банк и налоговую.