Аффилированность компаний

[Ротмистр]

У нас не филиал, у нас директора (они же учредители) - супруги. И таможня уже отправила контейнеры обеих компаний на досмотр (хотя раньше по этому товару досмотров не было) и даже пыталась привлечь директора одной компании к участию в досмотре контейнеров другой компании (контейнеры встали одновременно, грузополучателем указан один и тот же экспедитор).

Ничего не будет. У Вас нет сделки между взаимозависимосимыми фирмами. У Вас отдельная сделка каждой из них с иностранными контрагентами.
Заставить объединять товары в один двух отдельных юридических лиц нельзя. Нет декларанта, имеющего отношение сразу к двум сделкам. Нет единого плательщика по двум контрактам.