Продажа вагона в Литву

[Чучмек]

Про металлолом тоже слышала, что через отдельные т/п нужно оформляться. Но точно не знаю.
...?

оформлять можно где угодно. Единственное ограничение - вот:

Убытие товаров из Российской Федерации за пределы единой таможенной территории Таможенного союза в Дальневосточном федеральном округе через государственную границу Российской Федерации, вывозимых в соответствии с таможенной процедурой экспорта, допускается только из пункта пропуска в Магаданском морском порту.
См. Постановление Правительства РФ № 1148 от 26.12.2011.