Попробую описать процесс по аналогии с подобной процедурой (но перетарка наоборот, из фуры в контейнер) при отправке экспорта морем.
По прибытии на ст. Смоленск груз (поскольку он находится под таможенным контролем)) д.б выгружен в зону таможенного контроля. Вам, очевидно, придется заключить договор с владельцем склада. Далее либо Вы, либо склад по Вашей доверенности, обращаетесь к начальнику таможенного поста с просьбой разрешить перетарку. После перетарки акты перетарки должна заверить таможня, либо оформить акт таможенного наблюдения с указанием что, в каком количестве (вес, объем, кол-во мест), по какой ГТД, откуда и куда было перетарено, какие пломбы сняты, какие наложены. При пересечении границы на МАППе предъявляете: ГТД, СМР, ж/д накладные, акты перетарки и АТН. Т.е. должна прослеживаться непрерывная цепочка движения груза, находящегося под таможенным контролем, от погрузки на станции отправления до пересечения границы.