Тогда у Вас цифры в графе В и в ТР никак не будут связаны.
В графе В суммы платежей с учетом преференций заявленных в гр. 36.
А в ТР суммы согласно расчета направленного Вам электронно. Поэтому его никто не видит.
И в Бухгалтерию ТР ни в коем случае не сдаётся. Это денежный залог, который бухгалтерия не вправе никуда относить, кроме как на 60 счет (но туда он проводится сразу при оплате и висит в дебет)
Когда таможня примет окончательное решение по преференции, вам придет уведомление, либо о корректировке ДТ и доплате платежей и пени, либо о корректировке ДТ и зачете с Вашей ТР денег и требование о доплате пени.
Либо уведомление о принятии преференций и тогда Вам можно подавать на возврат либо зачет денег с ТР.
Но... ещё раз хочу отметить, действия таможни в случае когда преференции на момент выпуска не подтверждаются (например при сертификате форма А), должны быть иными. Т.е. сразу списываются деньги а потом после подтверждения КДТ в минус.
Либо Вы что-то недоговариваете и у Вас было например обязательство о предоставлении документов подтверждающих преференцию после выпуска товара (например РУ, тогда и преференция по НДС понятна). Но тогда тем более ТР в бухгалтерию не предоставлять, т.к. нужно будет делать зачет или возврат денежного залога.
Как то так.
Надеюсь понятно.