В настоящее время зоной деятельности Ханты-Мансийской таможни является весь Ханты-Мансийский автономный округ. В крупных городах округа действуют 8 таможенных постов, 4 международных аэропорта. Как сообщает пресс-служба УТУ, в январе-апреле 2009 года таможней было оформлено 2 151 грузовая таможенная декларация, что лишь на 22% меньше, чем за аналогичный период 2008 года