Была такая же проблема. На прошлой неделе писал обращение в ЦИТТУ.
vuc@ca.customs.ru
Здравствуйте.
ЭП, выданная УЦ ООО "...." (..2021), проходит
проверку в ЛК на сайте ФТС, но не проходит проверку на сервере ЭАД.
Прошу проверить актуальность
корневых сертификатов УЦ на серверах ЭАД.
Текст ошибки: CHECK_SIGNATURE_ERROR
Ответили на следующий день. ЭП заработала )