Последний сегмент в номере ГТД (4-й сегмент) это действительно номер товара.
Присвойте излишку тот же номер ГТД, что и оформленному товару. При этом нужно проследить за тем, чтобы весь объем *н е * у е х а л *одному покупателю по одной с/ф. Иначе при проверке покупателя налоговая пробъет с-ф по таможенной базе, увидит, что в с-ф 503 шт, а по ГТД растаможено только 500. Будет беда. А если разобъете партию (одному покупателю 250, другому 253), то налоговая покупателя концов не найдет.
Но есть риск, что концы найдёт *в а ш а * налоговая. Поэтому постарайтесь не приходовать излишек как можно дольше: может случиться, что поставщик недогрузит аналогичный товар или на складе своруют. Тут-то вы и сможете "легализовать" излишки
Вообще, ситуация непростая и решается индивидуально на каждом предприятии. Посоветуйтесь с главбухом.