Сдавать на сам аттестат-там, где зарегистрирован, в приказе №905:
http://www.tks.ru/docs/10024111 в п.27: "претендент ... подает в региональное таможенное управление, в регионе деятельности которого зарегистрирован претендент, заявление о допуске к аттестации..."
А насчет повышения квалификации,можно,читая п.68, понять и так, что учись хоть где,но "для проставления отметки о соблюдении требования о повышении квалификации обращается в рабочий аппарат регионального таможенного управления, в котором сдал квалификационный экзамен, с письменным заявлением в произвольной форме. К заявлению прилагаются оригинал квалификационного аттестата, заверенные копии документа, подтверждающего прохождение обучения, ..."
P.S. Кстати-по поводу сроков "повышения" не так все однозначно... В ПТУ в прошлом году чуть не аннулировали 11 аттестатов,прочитав этот 905 приказ. Раньше и вопросов не было, тем более было письмо ФТС №04-21/13118 от 17.04.2006, где: "Также разъясняем, что с учетом положений статьи 147 Таможенного кодекса Российской Федерации, определяющей обязанность специалиста по таможенному оформлению повышать квалификацию каждые два года,начиная с года, следующего за годом получения квалификационного
аттестата, специалисты по таможенному оформлению, получившие квалификационные аттестаты в 2004 году, обязаны пройти обучение по
программам повышения квалификации в 2007 году."
А в п. 70 905 приказа "В случаях, когда специалист по таможенному оформлению не прошел обучение по программам повышения квалификации в течение двух календарных лет, начиная с года, следующего за годом получения квалификационного аттестата ... вносится предложение об аннулировании ..."
Для них это оказалось,видимо,не столь внятно,как в ТК, вот и решили-те,кто отучился в 2006 и не "повысился" до конца 2008- на выход! (потом,правда,после обращения в ФТС,сменили гнев на милость,повелев срочно "повыситься")