Вам в помощь...
Письмо ГТК России № 05-24/26132 от 16 июля 2004 года - О внесении изменений в ГТД.
...
Все изменения и (или) дополнения, внесенные в ГТД а также отметки должностных лиц таможенного органа, должны быть внесены в электронную копию ГТД. Корректировка электронной копии ГТД осуществляется должностным лицом таможенного органа в порядке, установленном приказом ГТК России от 21.09.2000 № 855.
И вот уже
в приказе 855 очень подробно расписана технология внесения изменений...