Не годиться. Акт составляется на расходование авансовых таможенных платежей (ст. 330 ТК).
Прямых оснований для запроса наличия задолженности нет.
Кривое основание: п. 3 ст. 387 ТК. Основание кривое,т.к. в п.2 этой статьи явно не сказано о том, что там. органы накапливают информацию о задолженности по уплате таможенных платежей.
Сделайте обычный запрос, в течении месяца Вам должны ответить. Копию запроса и ответ таможни отдайте в налоговую.
Если налоговая сама сделает запрос в таможню, ответ получит быстрее.
Есть во всём этом одна особенность. До недавнего времени таможни не располагали сведениями о задолженности уч. ВЭД перед другими таможнями. Не знаю как обстоит дело сейчас, но пару лет назад такого не было.
Т.е. справка от Новосибирской таможни об отсутствии у уч. ВЭД задолженности означает то, что перед Новосибирской таможней у уч. ВЭД задолженности нет. Но задолженность может быть у уч. ВЭД перед другой таможней, например ЦАТ.