1) Вообще то на поступление денег тоже СВО в банк подается. Раз у Вас ПС был оформлен указывается код ПС в шапке. Теперь надо подать корректирующую СВО и оставить поле № ПС незаполненным.
2) Раз у Вас ДТ была, возможно также СПД подавали. Она у Вас в ВБК будет отражена. А если была предоплата, то ДТ автоматически из таможни подгружается.
Её так же надо после корректировки ДТ из ВБК удалять. Писать письмо об ошибочной записи и прикладывать скорректированную ДТ.
В общем геморроя Вам еще месяца на два, три.