Н-да, не оскудеет земля Русская!
Думаю, примерно так:
1. Г/С оформлен в там.органе отправления на основании Т/Р, выписаной там же.
2. Как правило, сумма обеспечения, внесенная по Т/Р, меньше суммы платежей в ГТД за счет сборов за ТО.
3. Следовательно, деньги на сборы у Вас должны быть в авансах.
4. Попытайтесь подать ГТД с платежкой, на которой есть деньги на сбор. По приказу, препятствий принять ее у таможни нет. В конце концов, суммы т/платежей могут поступить в авансы и позже. Если заартачаться, то ГТД все равно обязаны принять и выставить соответствующее требование на оплату т/платежей.
5. После приема, который, я надеюсь, состоится, заполняйте заявление по ПР607, основание для зачета - аннулирование Г/С (заявление об аннулировании и копия Г/С с отметками т/п), зачет в счет т/платежей по ГТД №..../.../... (копия ГТД), копия п/п с которой авансы внесены в обеспечение по Т/Р, 3-ий экз. Т/Р.
6. Затем заявление на внесение изменений в ГТД - "Графу В "Подробности подсчета" дополнить номером Т/Р".
7. Вносите изменения и оба, зарегистрированных на т/п заявления со всеми приложениями отдаете "платежникам".
8. А дальше либо они сами все сделают (это же целую дополнительную операцию надо сделать), либо отправят для принятия решения в таможню. Но и при этом раскладе Вы существенно экономите время, т.к. сроки выпуска никто не отменял и зачет Вам сделают быстро.
Будем надеятся, что Вам повезет.